De misser van het ministerie kon ontstaan door de overgang van oude ingenieurs- en doctorandusdiploma's naar de bachelor/masterstructuur. Volgens Kees van Ast, de financiële man in het CvB, was het uitgangspunt dat die overgang budgetneutraal zou moeten plaatsvinden. Dat bleek echter ingewikkeld waardoor sommige universiteiten tientallen miljoenen euro's te weinig kregen en andere instellingen vergelijkbare bedragen te veel.
Van Ast merkte de afgelopen jaren dat de UT tekort werd gedaan en trok met andere benadeelde universiteiten aan de bel. Het ministerie heeft toegezegd dat tussen 2011 en 2024 het bedrag wordt gecompenseerd. `Dat is vreselijk lang, wij willen het graag eerder afwikkelen', aldus Van Ast. Hij hoopt dat door kamervragen de betaling wordt bespoedigd.
De universiteiten die te veel geld hebben ontvangen (Tilburg 40 miljoen, Maastricht 20 miljoen), mogen dat houden omdat het vaak al is besteed. Wel krijgen zij hierdoor de komende jaren minder geld. In 2024 heeft elke universiteit volgens Van Ast het deel van het budget gekregen waar ze recht op had, niet te veel en niet te weinig.