Van Vught was van 1997 tot 2001 rector magnificus van de UT en vanaf 2001 tevens voorzitter van het college van bestuur. Sinds 2004 werkt hij in Brussel en maakt hij als topadviseur deel uit van de denktank van Jose Manuel Barroso, die richting geeft aan het onderwijs- en technologiebeleid van Europa. Ook is Van Vught bestuursvoorzitter van diverse Europese onderwijs- en onderzoeksorganisaties en bestuurder van de acht universiteiten in Hong Kong. In de regio Twente is hij onder meer commissaris bij Koninklijke Ten Cate.
Van Vught voorzitter RvT ziekenhuis
Frans van Vught, oud-rector en collegevoorzitter en nog steeds hoogleraar bij MB, is met ingang van 1 januari 2010 benoemd tot voorzitter van de raad van toezicht van het Medisch Spectrum Twente in Enschede. Hij volgt Dick Veltman op, die de maximale zittingstermijn van twaalf jaar heeft bereikt.