Al langere tijd bekritiseren universiteiten en hogescholen het zogenaamde tweede fase-onderwijs. Leerlingen zijn te afhankelijk gemaakt van hulpmiddelen en ontberen vakspecifieke kennis, reken- en taalvaardigheden en analytisch vermogen. Daardoor beschikken ze over een te smalle basis om goed te beginnen aan een hogere beroepsopleiding of een universitaire studie.
Van der Hoeven wil zowel de lesstof als het examenprogramma aanpassen, maar ook docenten een grotere vrijheid geven bij de invulling van hun lessen om zo de `schadelijke' aspecten te herstellen. Bovendien zijn leerkrachten niet meer verplicht om onderwijs te geven volgens de didactische normen van het studiehuis en kunnen ze weer terugvallen op het ouderwetse klassikaal lesgeven.
Van der Hoeven wijst erop dat het grote aantal vakken te weinig ruimte biedt voor verdieping. Zo moeten scholieren naast Engels `deeltalen' volgen, waarin ze één aspect van de betreffende talen leren. `Met als resultaat', erkent Van der Hoeven, `dat ze twee talen niet beheersen.' De veranderingen in het vakkenpakket moeten al in 2007 van kracht zijn.
De CDA-bewindsvrouwe vindt niet dat de jongeren die de tweede fase hebben doorlopen het slachtoffer zijn van, zoals de Volkskrant, stelt, `de experimenteerdrift' van de politiek. `Die zitten nu op de universiteit en doen het daar naar behoren. […] De nieuwe generatie leert anders', zegt ze, `maar niet per se slechter.'
Ton Mouthaan, decaan van de faculteit EWI, vindt het `hartstikke mooi dat leerkrachten hun vak weer terugkrijgen', maar wijst erop dat de wettelijke ruimte nog wel gecreëerd moet worden. De Tweede Kamer moet de plannen van Van der Hoeven nog goedkeuren, al lijkt dat een formaliteit. `Het kwartje begint langzaam te vallen', klinkt het gematigd optimistisch. `Haar plannen zullen ongetwijfeld een verbetering betekenen, maar we zijn er nog niet.' Mouthaan vindt dat Van der Hoeven de problemen voornamelijk lijkt te wijten aan het grote aantal vakken en minder aan de aard van het onderwijs. `De link met de inhoud legt ze nog niet heel sterk. Contextueel onderwijs moet plaats maken voor conceptueel onderwijs. Conceptueel denken leer je niet in het studiehuis.'
Met de tweede fase, die in 1998 werd ingevoerd, kwam de nadruk meer en meer te liggen op het aanleren van vaardigheden, opdat het voortgezet onderwijs beter zou aansluiten op het hoger onderwijs. Die opzet is niet gelukt, erkent de minister.