Inzet van de meningsverschillen is een conceptnota geschreven onder leiding van de Groningse bestuursvoorzitter E. Bleumink. De bestuurders wilden zelf initiatieven nemen om te voorkomen dat minister Ritzen zijn greep op het onderzoek zou versterken. Maar de uitwerking van dat streven leidt tot onenigheid.
Over een paar uitgangspunten zijn de bestuurders het wel eens. Ze onderschrijven dat Nederland in de wetenschap 'tot de top-tien-naties van de wereld' behoort. Ook vinden ze dat de universiteiten met hun onderzoeksbudget van 2,3 miljard gulden een sleutelrol vervullen. Voor het behoud van die toppositie is bescherming van fundamenteel onderzoek nodig. Daarbij hoort selectie op kwaliteit en relevantie, maar de invloed van de politiek moet beperkt blijven.
Het meest omstreden is het voorstel van de werkgroep-Bleumink om een enorm bedrag te steken in de stimulering van onderzoeksscholen. Een jaar geleden werd daar na veel discussie 200 miljoen gulden voor gereserveerd. De werkgroep stelde eind juni voor daar 600 miljoen van te maken.
In een brief aan de VSNU hebben de technische universiteiten zich half augustus 'volstrekt oneens' verklaard met dit voorstel. Maar ook andere universiteiten zoals Utrecht, de UvA en Maastricht vinden 400 miljoen extra voor onderzoeksscholen te ver gaan. Ze vrezen dat dit ten koste gaat van belangrijk kleinschalig of multidisciplinair onderzoek, dat zich niet in grote scholen laat bundelen. In een nieuwe versie van het rapport-Bleumink is het plan daarom naar verluidt afgezwakt. Onduidelijk is of dit de bezwaren van vooral de TU's wegneemt.
Verder is er onenigheid ontstaan over het voorstel om in de toekomst slechts een klein deel van het onderzoeksbudget - 400 miljoen gulden - te reserveren voor 'maatschappelijke prioriteiten'. Daar is op papier nu nog 1,5 miljard mee gemoeid, maar in praktijk hebben de universiteiten grote vrijheid. Minister Ritzen heeft echter aangekondigd dat hij meer ernst wil maken van de maatschappelijke afstemming. Als reactie wil de VSNU-werkgroep het bedrag waar het om gaat inperken. Het budget voor 'ongebonden' onderzoek wordt dan uitgebreid van 350 miljoen naar één miljard gulden.
De technische universiteiten hebben ook dit voorstel resoluut afgewezen. Zij vinden dat er wordt uitgegaan van een 'schijntegenstelling tussen fundamenteel en toepassingsgericht onderzoek'. Volgens hen wordt niet alleen het maatschappelijk belang van hun technologisch onderzoek in de nota miskend, maar ook dat van veel ander universitair onderzoek.
Volgens ingewijden wordt ook deze kritiek van de TU's gedeeld door meerdere universiteiten. De instellingen vinden het een 'naïef idee' dat een dreigende politieke greep op het onderzoek in te dammen zou zijn door 'een hekje te zetten rond een budget van een miljard gulden'. Volgens de critici is er een veel sterker verhaal mogelijk over maatschappelijke afstemming van onderzoek waarin de politiek geen directe rol speelt, bijvoorbeeld via allianties met bedrijven voor fundamenteel onderzoek. Op 5 september bespreken de universiteitsbesturen een aangepaste versie van de plannen.