Hoewel Minister Ritzen een voorkeur had voor initiatieven die voortkomen uit slechts één onderzoekschool, heeft een groot aantal onderzoeksgroepen toch gekozen voor samenwerking buiten de eigen winkel. Die samenwerking wordt verdedigd met het argument dat het beste uit meerdere onderzoekscholen bijeengebracht is. Dat geldt ook voor het Twents-Delftse plan Nanolink (Information Processing to the Limits) van MESA/DIMES.
In totaal zijn er achttien zulke combinatieplannen ingediend, met samen 47 of 48 deelnemende onderzoekscholen. Het breedst zijn enkele coalities uit elk vier scholen. De eerste verenigt 22 wiskundigen uit praktisch alle universiteiten. Nummer twee is een netwerk van dertien hoogleraren op het terrein van de chemische katalyse - afkomstig van acht verschillende universiteiten. En dan is er nog een netwerk van samenwerkende biotechnologen en plantkundigen, waar vijf universiteiten aan meedoen.
Van de achttien soloplannen komt een deel ook nog uit onderzoekscholen die zelf een landelijk samenwerkingsverband zijn, zoals LOT (taalkunde) en NRSMS (middeleeuwen).
Een echt solo-initiatief is het Utrechtse klimaat-instutuut van Nobelprijswinnaar Paul Crutzen. Ook drie bestaande onderzoekscholen uit de natuur- en sterrenkunde verkozen elk de solotoer boven nieuwe dwarsverbanden.
In het medisch onderzoek vallen zowel brede initiatieven op als veel smallere. Dat leidt er bijvoorbeeld toe dat de Limburgse onderzoekschool Care tegelijk meedoet aan een Rotterdams initiatief voor 'chronische ziekte', èn zijn eigen voorstel voor hart- en vaatziekten indient.
Ook uit de sociale wetenschappen komt een aanzienlijk aantal plannen. Daarbij zit een Tilburgs-Rotterdamse combine van twee economiescholen (Center en Tinbergen) en minstens drie voorstellen uit de psychologie.
