Van Eijndhoven is sinds 1991 directeur van het Rathenau Instituut, dat zich bezighoudt met de maatschappelijke en ethische aspecten van wetenschap en technologie. Daarnaast is zij als hoogleraar Technology Assessment verbonden aan de vakgroep Natuur, Wetenschap en Samenleving van de faculteit Scheikunde van de Universiteit Utrecht.
De hoogleraar is het enige lid van de raad van toezicht dat sterke banden heeft met de universitaire wereld. 'Ik heb ervaring met zowel onderzoek als onderwijs en ben meer dan de anderen bekend met het universitaire denken. Aan universiteiten heeft iedereen een eigen expertise en professionaliteit. Vraag is wat de plaats is van die professionaliteit in verhouding tot de strakkere kaders waarin wetenschappers moeten functioneren. Je wilt als wetenschapper in je waarde worden gelaten, hoewel dit niet mag botsen met de doelstellingen van de universiteit. Dat wordt als strijd gezien. Handiger zou zijn te kijken naar wat je aan elkaar kunt hebben.'
De ideale raad van toezicht houdt volgens Van Eijndhoven toezicht op afstand. 'Maar de raad heeft verantwoordelijkheden en daar kun je je niet aan onttrekken.' Als voorbeeld noemt ze de benoeming van een nieuwe voorzitter van het college van bestuur. Hoewel 'het te ver gaat blij te zijn met het feit dat minister Ritzen de benoeming van IJzerman heeft doorgeschoven'. Toezicht houden zal meer betekenen dan 'gezellig bij elkaar zitten en keuvelen met het college van bestuur'.
