De Onderwijsraad, het belangrijkste adviesorgaan aan de minister, betoogt dat de maatregelen de ambitie ondermijnen om als kenniseconomie door te dringen tot de Europese top. De raad stelt dat het plan de doorstroming naar het technisch onderwijs zal bemoeilijken. Eerder kwamen de rectoren van de drie technische universiteiten met vrijwel gelijkluidende kritiek, evenals bèta-popularisatiestichting Axis (samen met universiteitenvereniging VSNU, werkgeversorganisatie VNO-NCW, enkele multinationals en MKB-Nederland) en de KNAW (Koninklijke Academie van Wetenschappen).
In januari kwam Van der Hoeven in het discussiestuk 'Ruimte laten en keuzes bieden in de tweede fase havo/vwo' tegemoet aan klachten uit het middelbaar onderwijs. Leerlingen zouden bezwijken onder de studielast. De minister wildaarom in het vwo-profiel natuur en techniek eenderde van de wiskunde-uren schrappen. Scheikunde en natuurkunde zouden allebei tachtig uur inleveren. Bij vwo-profiel natuur en gezondheid, de zachtere bètavariant die veel meisjes trekt, zou natuurkunde niet meer verplicht zijn en wiskunde uren inleveren.
Van der Hoeven stelt dat leerlingen in de nieuwe opzet desgewenst zelf exacte vakken in hun vrije ruimte kunnen opnemen, zodat ze toch aan de toegangseisen van bètastudies voldoen. De Onderwijsraad heeft daar weinig vertrouwen in, en vreest voor een verdere vermindering van de belangstelling voor bèta/techniek-vervolgopleidingen. Evenals de KNAW en Axis pleit de Onderwijsraad voor een 'robuust bètaprofiel'. De raad verwacht dat een programmatische samenhang tussen de verschillende exacte vakken binnen de natuurprofielen de aantrekkelijkheid van deze vakken vergroot.
Een recent onderzoek van het LAKS (Landelijk Actie Komité Scholieren) op achttien scholen onderstreept nog eens dat scholieren het tweede fase programma te zwaar vinden. Het LAKS wil daarom het totale aantal studielasturen verminderen. Ruim tweederde van de leerlingen vinden echter dat het aantal profielvakken in NT (natuur en techniek) en NG (natuur en gezondheid) niet verminderd moet worden.
In hoeverre Van der Hoeven aan de kritiek tegemoet wil komen zal dit voorjaar blijken, wanneer zij de definitieve voorstellen voor de aanpassing van het studiehuis naar de Tweede Kamer stuurt. De beoogde wijziging zou komend schooljaar al moeten ingaan.