In het nieuwe systeem worden de rapporten per instituut opgesteld, en het is voortaan aan de universiteiten en de onderzoeksorganisaties zelf om vast te stellen wat daartoe gerekend wordt. De visitaties beperken zich daarom ook niet langer tot geprogrammeerd onderzoek binnen universiteiten. Ook NWO- en KNAW-instellingen vallen onder het nieuwe systeem.
Het nieuwe protocol moet zo een einde maken aan de last die de beoordelingen nu voor veel onderzoekers opleveren. Naast de huidige vijfjarige visitatiecyclus van de universiteiten moeten veel wetenschappelijke programma's zich ook laten keuren door de KNAW, dat de plannen van onderzoeksscholen beoordeelt, en door onderzoeksfinancier NWO. Wetenschappers klagen vaak dat ze zo veel tijd verliezen aan het opstellen van rapporten en verzamelen van gegevens voor de beoordelingscommissies, dat ze aan hun eigenlijke werk nauwelijks meer toekomen.
Voortaan moeten onderzoekers eens in de drie jaar een zelfevaluatierapport opstellen. Daarin wordt het werk van de afgelopen periode beoordeeld, en vooruit geblikt naar de toekomst.
Eens in de zes jaar vindt daarnaast een externe beoordeling plaats, waarvan de resultaten openbaar gemaakt worden. Uiteindelijk moet daartoe een landelijke database met onderzoeksinformatie onstaan, die via internet voor iedereen toegankelijk is. Ook de kwaliteit van het management wordt in de rapporten beoordeeld, zodat daarvoor geen aparte commissie meer nodig is.
Wie de zesjaarlijkse openbare visitatie uitvoert, bepalen de instellingen voortaan zelf. Nu wordt een landelijke visitatiecommissie nog na maandenlang overleg samengesteld door de VSNU. Vaak leidt dat uiteindelijk tot ruzie: bij het recente visitatierapport over scheikunde voelden vooral de universiteiten van Utrecht en Groningen zich misdeeld, doordat de commissieleden onvoldoende verstand van hun specialismen zouden hebben.
Hoe in het nieuwe systeem de onafhankelijkheid van de visitatiecommissies gewaarborgd kan worden is nog niet duidelijk. Waarschijnlijk gaat een toezichtscommissie van wetenschapsacademie KNAW zich daarover buigen.
