Het gangbare beeld van wetenschap als zoektocht naar ware kennis is volgens de Twentse filosoof niet productief voor het begrijpen van de technische wetenschappen. Boon: ‘Mijn filosofische werk richt zich op een beeld van wetenschap dat een alternatief kan vormen voor het idee dat echte wetenschap waarheid en zekerheid biedt. De technische wetenschappen als voorbeeld van wetenschap blijkt buitengewoon vruchtbaar te zijn in het ontwikkelen van zo’n alternatief.’
Uitgangspunt voor het alternatief van Boon is de kennistheorie van Immanuel Kant. Deze kennistheorie stapt af van het idee dat onze waarnemingen en kennis in een afspiegelingsrelatie staan tot de werkelijkheid. In plaats daarvan is het uitgangspunt dat mensen kennis maken doordat zij structuur aanbrengen en betekenis geven aan wat ze zien. Dit gebeurt niet willekeurig. Structureren en interpreteren vindt plaats dankzij interpretatiekaders, waar we ons vaak niet van bewust zijn. Boon: ‘Mijn pleidooi is juist dat onderzoekers zich bewust zijn van het bestaan van de interpretatiekaders van hun discipline en dat ze deze actief gaan onderzoeken. Dat bedoel ik met het nemen van ‘epistemische verantwoordelijkheid’. Bij uitstek de technische wetenschappen tonen aan hoe wij voortdurend aan het construeren zijn. Onderzoekers doen meer dan dingen maken. Zij maken kennis en in bepaalde opzichten creëren ze zelfs de waargenomen fenomenen.’
In 1987 voltooide Boon cum laude haar studie chemische technologie aan de UT. In Delft promoveerde zij cum laude met haar veel geciteerde proefschrift Theoretical and experimental methods in the modelling of bio-oxidation of sulfide minerals. Filosofie studeerde Boon in Twente en in Leiden. In 1998 won zij de TUD essayprijs voor het boek Filosofie beelden in wetenschap.
In 2004 was Boon oprichter van het Female Faculty Network Twente. Twee jaar later begon zij de Society for Philosophy of Science in Practice. Ethiek en techniek vormen een rode draad in haar carrière. De filosofe werd in februari 2012 benoemd tot hoogleraar.